Evenimentele din decembrie 1989 au adus mari deschideri în devenirea şcolii buzoiene de aviaţie. La 15 decembrie 1989, aceasta a luat în subordine şi Şcoala de Maiştri Militari de Aviaţie „Traian Vuia“ de la Mediaş, purtând denumirea de Şcoala Militară de Aviaţie „Aurel Vlaicu“. Mai mult, în 1991, potrivit H.G. nr. 190/1991, transmise de M.St.M. cu nr. S/133/949 din 9 aprilie 1991, Şcoala Militară de Aviaţie „Aurel Vlaicu“ s-a transformat în Institutul Militar de Aviaţie „Aurel Vlaicu“. Prin structura şi concepţia sa, institutul a format ofiţeri de aviaţie cu pregătire specifică de politehnică, astfel: ofiţeri-piloţi cu durata de şcolarizare de cinci ani; ofiţeri de stat major, navigatori cu dirijarea şi meteorologi cu durata de şcolarizare de patru ani.

O caracteristică importantă a perioadei care a urmat evenimentelor din decembrie a fost încetarea politizării învăţământului desfăşurat în şcoală şi creşterea ponderii orelor de specialitate. Prin durata de şcolarizare de 5 ani şi prin introducerea a noi discipline ca: bazele electrotehnicii, teoria mecanismelor, organe de maşini şi maşini electrice, calculul şi construcţia aeronavelor, matematici speciale, precum şi prin aprofundarea ştiinţifică a unora deja existente, absolvenţii institutului au fost capabili să facă faţă cu uşurinţă trecerii la etapa care a însemnat, din anul 1995, modernizarea avioanelor MiG-21 LanceR, a elicopterelor IAR-330 SOCAT, a sistemelor ASOC, SCCAN etc.

Începând cu 1 iunie 1997, în baza Legii nr. 41 din 1990, privind organizarea şi funcţionarea Ministerului Apărării Naţionale, a Legii Învăţământului nr. 84/1995, republicată în 1996, precum şi a Ordinului ministrului apărării naţionale nr. M12 din 21 februarie 1997, Institutul Militar de Aviaţie „Aurel Vlaicu“ s-a transformat în Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie „Aurel Vlaicu“, ce desfăşura secvenţial învăţământ postliceal şi postuniversitar, de formare, specializare şi perfecţionare în armă a personalului militar şi civil, a aviatorilor rezervişti din aviaţie, a militarilor în termen, apoi a soldaţilor şi gradaţilor voluntari.

La 16 noiembrie 2005, avioanele L-29 şi, respectiv, la 8 decembrie 2007 avioanele L-39 au executat ultimele zboruri, intrând astfel în istoria F.A.R., fiind unele dintre cele mai remarcabile avioane pe care şi-au început activitatea piloţi, tehnicieni şi navigatori, care au întrebuinţat cu mare încredere posibilităţile acestor aeronave. Faima şcolii militare de aviaţie a fost purtată în nenumărate mitinguri şi show-uri aeriene de aceste tipuri de avioane care au ascultat cu blândeţe toate comenzile pilotului, creând un tandem om-maşină remarcabil.

În anii 2002-2003, Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie „Aurel Vlaicu“ a fost dotată cu avioane IAR-99 Standard şi „Şoim“, care fac trecerea la pregătirea unei noi generaţii de aviatori.

Baza logistică a instituţiei a fost înnobilată de capela cu hramul Sfântului Prooroc Ilie Tesviteanul, realizată prin efortul material al salariaţilor instituţiei de la Boboc în anul 1997, prima lucrare de acest fel de după al Doilea Război Mondial din F.A.R.

În prezent, Şcoala de Aplicaţie pentru Aviaţie „Aurel Vlaicu“ s-a transformat in Baza Aeriană Boboc/Şcoala de Instruire Interarme a Forţelor Aeriene „Aurel Vlaicu”.