La 30 noiembrie 1993, în contextul reorganizării Armatei, ca necesitate a alinierii la structurile occidentale, în baza O.G. nr. 24/30 august 1993 al Ministerului Apărării Naţionale, prin unirea Comandamentului Aviaţiei Militare cu Comandamentul Apărării Antiaeriene a Teritoriului, a luat fiinţă Statul Major al Aviaţiei şi Apărării Antiaeriene, structură ce reunea într-un corp comun aviaţia, artileria şi rachetele antiaeriene şi radiolocaţia.

La 1 iunie 1995, Regimentul 71 Aviaţie de Vânătoare s-a transformat în Baza 71 Aeriană Aviaţie de Vânătoare şi Vânătoare-Bombardament „General Emanoil Ionescu“ şi, respectiv, Grupul 71 Aviaţie de Vânătoare.

Începând cu anul 1997, o escadrilă din Regimentul 86 Aviaţie de Vânătoare a început un antrenament intensiv, pentru a fi în măsură să desfăşoare misiuni în comun cu forţe NATO. Acest program special de antrenare, avea să conducă la obţinerea unui înalt nivel de inter­operabilitate, iar escadrila de aviaţie vânătoare-bombardament a fost complet înzestrată cu avioane MiG-21 LanceR. Din data de 15 decembrie 2000, s-a înfiinţat Baza 86 Aeriană „Locotenent Erou Gheorghe Mociorniţă“, având în dotare şi elicoptere de tip IAR-330L. Acest lucru extindea gama misiunilor pe care Baza 86 Aeriană era mandatată să le execute.

În 1996, a luat fiinţă Baza 90 Transport Aerian „Comandor aviator Gheorghe Bănciulescu“, având în dotare avioane AN-24, AN-26, AN-30 şi elicoptere IAR‑330, Mi-8, Mi-17, SA-365, iar la 25 octombrie 1996, s-a făcut primul pas spre realizarea interoperabilităţii cu structurile NATO, prin înzestrarea acesteia cu două (şi ulterior cu alte trei) avioane C-130, care au dublat capacitatea de transport şi raza de acţiune.

La 25 august 1995, a luat naştere la Bacău Baza 95 Aeriană de Aviaţie-Vânătoare şi Vânătoare-Bombardament „Erou Căpitan Aviator Alexandru Şerbănescu“, destinată să asigure pregătirea şi ducerea acţiunilor de luptă de către Grupul 95 Aviaţie de Vânătoare. De asemenea, aerodromul a asigurat logistic zborul avionului MiG-21 LanceR încă din faza iniţială, de cercetare şi testare la S.C. „Aerostar“ S.A. Bacău. Remarcabil este faptul că aici s-au instruit, în vederea trecerii pe avionul MiG-21 LanceR, aproape toţi piloţii de vânătoare din ţară.

În anul 1995, prin luarea în subordine a patru divizioane de rachete antiaeriene şi a unui divizion tehnic „Neva“, brigada se transformă în Brigada 1 Rachete Antiaeriene Mixtă, subordonată Corpului 1 Aviaţie şi Apărare Antiaeriană, acordându-i-se denumirea onorifică „General Nicolae Dăscălescu“. În anul 1998, începând cu 1 august, marea unitate se transformă din Brigada 1 Rachete Antiaeriene Mixtă în Brigada 1 Rachete Antiaeriene „General Nicolae Dăscălescu“, ca urmare a ieşirii din subordine a subunităţilor echipate cu rachete „Neva“.

În anul 1998, prin reorganizarea Brigăzii 46 Radiotehnică de la Ploieşti şi a Brigăzii 41 Radiotehnică de la Timişoara, au fost înfiinţate Centre de Radiolocaţie, pentru creşterea operativităţii, supleţei şi eficienţei actului de decizie, optimizarea fluxului informaţional privind situaţia aeriană şi crearea condiţiilor realizării sistemului integrat de gestionare a spaţiului aerian. S-au creat bazele trecerii de la radiolocaţia analogică la cea digitală şi compatibilizarea acesteia cu aviaţia militară şi civilă, precum şi cu cea a NATO.

Regimentul 70 Geniu de Aviaţie a continuat activitatea Regimentului de Geniu Aeronautic înfiinţat la 1 noiembrie 1938, prin Înaltul Decret nr. 3758, având în dotare tehnică specifică de reparaţii, întreţinere şi construcţii aerodromuri, drumuri şi lucrări de protecţie a personalului, aeronavelor şi tehnicii (excavatoare, buldozere, autogredere, încărcătoare, rulouri compactoare, autobasculante).

După înfiinţarea Statului Major al Aviaţiei şi Apărării Antiaeriene, Regimentul 85 Transmisiuni a fost reorganizat, începând cu 1 mai 1995, în baza Ordinului General nr. 7 din 4 februarie 1995 al Ministerului Apărării Naţionale, iar la 1 decembrie 1995, a avut loc ceremonialul înmânării noului Drapel de Luptă Regimentului 85 Transmisiuni „Gheorghe Robescu“.

Tabăra de Instrucţie şi Poligonul de Trageri Sol-Aer „General de Brigadă Ion Bungescu“ de la Capu Midia a realizat şi introdus la trageri, în anul 1991, avionul-ţintă ATM-03, iar în 1996, a pus în funcţiune sistemul de evaluare a tragerilor EOTS-F. În 1997, a fost introdus sistemul de ţinte radiodirijate, pe bază de program fără pilot, FOX‑TS1, iar în 1998, s-au executat trageri de testare şi de omologare cu sistemele antiaeriene 2×35 mm Oerlikon.